2021年11月15日号
今般，日医より，新型コロナウイルスワクチンの個別接種に係る医療機関の収入に対する課税関係について，関係省庁への確認をふまえた情報提供がありましたので，下記のとおり，お知らせいたします。
記
新型コロナウイルスワクチン接種対策費負担金（接種の費用： 単価2,070円，時間外+730円，休日+2,130円の委託料収入）については，医療機関において消費税の課税売上となります（委託料収入は，消費税相当額を加算して請求し入金されるものです）。
また，所得税・法人税の四段階税制（社会保険診療報酬の所得計算の特例）においては，医業収入が7,000万円以下であることが要件の一つとされていますが，接種の費用（委託料収入）は当該医業収入7,000万円にカウントされます。
個別接種促進のための支援策として一定回数以上の接種を行う医療機関に支払われる補助金（新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金による支援）については，消費税は課税対象外となります。
また，四段階税制の要件の一つである医業収入7,000万円にはカウントされません。
以上
〔参考情報〕
消費税の免税事業者であった医療機関がワクチン接種により自由診療等売上1,000万円を超えた場合の納税義務については，下記URLの参考資料をご参照ください。
これまで自由診療等の課税売上高が年間1,000万円以内であったことにより消費税の免税事業者であった医療機関が，ワクチン接種の収入が増加したことにより課税売上高が年間1,000万円を超えることとなる場合，原則としてその翌々年（度）から課税事業者となります。但し，上半期（６カ月）だけで1,000万円を超えた場合には，次の年（度）から課税事業者となります。
その場合，消費税に係る記帳および申告の事務負担を軽減するため簡易課税を適用することが選択肢として考えられますが，簡易課税を適用するには予め届出が必要です。例えば令和５年（度）に簡易課税の適用を受けるためには，令和４年（度）末までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を税務署に提出することが必要となります。
なお，簡易課税制度選択の判断を含め，個別の税務については，税理士又は所轄の税務署等にご相談いただきますよう，お願いいたします。
※参考資料
日医通知文書
「新型コロナウイルスワクチンの個別接種に係る医療機関の収入に対する課税関係について（情報提供）」
https://www.med.or.jp/dl-med/kansen/novel_corona/2021zk_59.pdf